Secuenciación genómica de SARS-CoV-2 en pacientes guatemaltecos para el monitoreo de la diversidad y evolución viral como herramienta epidemiológica
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Ficha catalográfica
INF-2020-40 Inv.4003 Solórzano Ortiz, Elizabeth coordinadora Secuenciación genómica de SARS-CoV-2 en pacientes guatemaltecos para el monitoreo de la diversidad y evolución viral como herramienta epidemiológica / coordinadora Elizabeth Solórzano Ortiz ; Carmen Lucía Yurrita Obiols, Barbara Beatriz Moguel Rodríguez, Manuel Barrios Izás y Carlos Alberto Montenegro. - - Guatemala : Universidad de San Carlos de Guatemala, Dirección General de Investigación, Centro Universitario de Zacapa, Instituto de Investigaciones, 2020. 57 páginas : ilustraciones ; 27 cm. Nota: Convocatoria extraordinaria USAC frente al Covid19 aprobada CSU punto séptimo, Inciso 7.1, subinciso 7.1.2, Numeral 7.1.2.2, Acta No. 28-2020, de 8 de julio de 2020. |
Descriptores:
* Secuenciación Completa del Genoma – métodos * SARS-CoV-2 – genética * Genoma Viral – genética * SARS-CoV-2 – patogenicidad * Monitoreo * Proyecto Genoma Humano * Monitoreo Epidemiológico * Covid-19 - prevención & control * ADN Complementario – análisis * Filogeografía
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REsumen
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Contar con un análisis preciso de las secuencias genómicas del Betacoronavirus SARS-CoV-2, ha sido muy importante para el desarrollo de las estrategias que intentan contener la propagación del virus a nivel mundial, desde el primer paciente detectado en la ciudad de Wuhan, China. La secuenciación de los genomas de SARS-CoV-2 permiten rastrear las rutas de transmisión a nivel local y mundial, así mismo ayudan a determinar la velocidad de cambio del virus a medida que se propaga. El estudio que se presenta a continuación es el primer proyecto de secuenciación de SARS-COV-2 en Guatemala, el cual nos permitió conocer las variantes virales que circulan en el país, sus rutas de transmisión y la evolución del mismo en los pacientes guatemaltecos. En Guatemala no se conocían las características genómicas de los linajes virales circulantes, debido a que únicamente se habían secuenciado en el extranjero 10 genomas virales aislados de los primeros pacientes guatemaltecos, sin existir algún estudio asociado a estas secuencias. Este proyecto generó 89 secuencias genómicas de SARS-CoV-2, aisladas de pacientes guatemaltecos y el análisis se complementó con 10 genomas previamente secuenciados por el CDC en Estados Unidos. Posteriormente en este estudio se desarrollaron análisis filogenéticos, filodinámicos y espaciales de los linajes y clados virales identificados, a través de análisis de genómica comparativa utilizando secuencias de SARS-CoV-2 provenientes de 8 países de América del Sur, análisis de la diversidad genética del virus en el país. Además, se generaron 2 modelos tridimensionales de la proteína S observándose una alta incidencia de mutaciones en la proteína de los genomas muestreados en el país, pero que no afectan la región de acoplamiento al receptor ACE2 en las células humanas. Los análisis de asignación de clados y linajes reflejaron una alta diversidad de los virus SARS-CoV-2 que circulan en la región metropolitana del país, observándose un recambio de clados a lo largo del desarrollo de la pandemia en el país. Además, se pudieron identificar dinámicas de transmisión local. Es importante resaltar que, muestreos más exhaustivos son necesarios para el desarrollo de análisis concluyentes. Adicionalmente, dentro de los resultados obtenidos podemos resaltar el establecimiento de alianzas y colaboraciones institucionales, relevantes para el proceso de fortalecimiento de la vigilancia epidemiológica con base en información genética, en el país, que aporta información relevante para el desarrollo de estrategias de contención más holísticas.
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